班级扣分，学校扣班主任工资不合法。从法律角度看，根据《中华人民共和国劳动法》的规定，用人单位应当按时足额支付劳动者的工资，不得以任何名目拖欠或者少发工资。班级扣分是对学生或班级行为的一种评价手段，与班主任的薪资没有直接关系，因此学校此举可能构成对教师劳动报酬权的侵犯。若学校频繁以此为由扣除班主任工资，或扣除金额较大，表明问题比较严重，应及时寻求法律专业人士的帮助。
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从法律的角度，针对学校因班级扣分扣除班主任工资的问题，具体操作如下：1.与学校协商：明确表达对学校因班级扣分扣除班主任工资做法的不满，要求学校提供扣分及扣薪的具体依据，并提出合理诉求，如恢复被扣工资等。2.向教育主管部门投诉：准备充分的证据材料，如工资条、扣分通知等，向当地教育主管部门提交书面投诉，请求其介入调查并给出处理意见。3.提起劳动仲裁或诉讼：若协商和投诉均无果，可准备相关证据材料，如劳动合同、工资条、扣分通知、与学校沟通协商的记录等，向当地劳动仲裁委员会提起劳动仲裁，或向人民法院提起诉讼，要求学校恢复被扣工资并承担相应法律责任。在仲裁或诉讼过程中，应积极配合仲裁庭或法庭的调查和审理工作。以上操作旨在维护教师的合法权益，确保教师劳动报酬权不受侵犯。
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针对学校因班级扣分扣除班主任工资的问题，常见的处理方式包括：与学校协商、向教育主管部门投诉以及提起劳动仲裁或诉讼。首先，可以尝试与学校进行沟通协商，了解扣分及扣薪的具体依据，并表达自身诉求。若协商无果，可向当地教育主管部门投诉，请求其介入调查并协调解决。若问题仍未得到解决，可考虑提起劳动仲裁或诉讼，通过法律途径维护自身权益。选择处理方式时，应根据实际情况灵活选择。若问题较为轻微，可先尝试与学校协商；若协商无果，再向教育主管部门投诉；若投诉仍未解决，且涉及金额较大，可考虑提起劳动仲裁或诉讼。