公司扣除员工工资百分之一需视情况而定。依据《工资支付暂行规定》，单位可扣除工资，但每月扣除不得超工资的20%。若超此限或致工资低于最低工资，将违法并影响员工生活。
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公司扣工资需谨慎。操作如下：1.明确扣除原因及标准，确保合法；2.扣除前告知员工，征得同意；3.扣除额不超月工资20%，且不低于最低工资；4.定期审查扣除规定，及时调整以符合法律变化。
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处理此类问题，公司应明确扣除规定并告知员工。若扣除合理，可继续执行；若不合理，应调整至合法范围。选择时应考虑法律规定及员工权益，确保合法合规。