仲裁不合理但终极判决有效时，可申请撤销。依据《仲裁法》，若裁决存在如没有仲裁协议等情形，可向中院申请撤销，否则判决将生效，不利后果需自行承担。
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仲裁不合理时，可如此处理：1. 接受裁决，因其已生效；2. 若不服，收集证据，如程序违法、证据伪造等，向中院申请撤销，需提交申请书及证据材料。
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仲裁不合理通常有两种处理方式：接受或申请撤销。若裁决无明显违法，建议接受；若存在法定撤销情形，如程序违法等，则应向法院申请撤销。